Pada 2000 Akper dan AKL Muhammadiyah Purwokerto diintegrasikan keUMP menjadi D-3 Keperawatan dan D-3 Kesehatan Lingkungan (SK Dirjen Dikti No. 215/D/O/2000 tanggal 9 Oktober 2000). Fakultas Ilmu Kesehatan didirikanberdasarkan SK Badan Pelaksana Harian (BPH) Universitas Muhammadiyah Purwokerto Nomor: A.1/121- S.Kep/BPH/UMP/XI/2005 tanggal 16 November 2005. Program Studi D-3 Keperawatan terakreditasi A (sangat baik/Excellent) oleh LAMPTKes Nomor : 0808/LAM PTKes/Akr/Dip/XII/2020.
